El Hospital San Juan de Dios, fue fundado por una hermandad de personas de corazones altruistas en el año 1,823 oficialmente inicio su labor el 06 de mayo de 1848, según decreto legislativo del 06 de marzo del mismo año.
El 26 de julio de 1928, don Rafael Meza Ayau, hizo un donativo para la construcción de un nuevo hospital y el Sr. Jaime Gil y familia hicieron un donativo para construir el edificio de ginecología y obstetricia.
Doña Ángela de Meza hizo el donativo para construir la sala de pediatría notándose así que la infraestructura del Departamento de pediatría del hospital San Juan de Dios de Santa Ana, fue fundada y donada por la familia Meza Ayau.
El 24 de octubre de 1957 es donde se cola la primera piedra del pabellón de pediatría bajo la dirección del Dr. Luis Costa (hijo).
El primer jefe del departamento fue el Dr. Nieto, donde había cuatro jefes: Dr. Nieto, Dr. Raúl Ernesto Grimaldi, Dr. Carlos Díaz Espinoza, Dr. José Feliz Magaña de Paz.
En la década de los 80’ se creó la Unidad de Cuidados Intensivos pediátricos, pero por la falta de mantenimiento en el equipo y capacidad técnica, fracasó. Fue hasta el 2001 que inició con una nueva UCIP la cual tenía capacidad para una cama.
El departamento de pediatría consta de 09 áreas de servicio, entre ellas el servicio de aislados, el cual se a readecuado dentro de las instalaciones.
Es decir que el departamento de pediatría de hospital San Juan de Dios, se creó con los siguientes servicios de atención.
Área de recién nacidos, área de lactantes 1 y 2, área de preescolares, área de escolares y área de cirugía pediatría, con la capacidad de 95 cunas y para la época de epidemias s expande.
La Unidad de Cuidados Intensivos UCIP, se construyó con capacidad de 5 cunas de los cuales se atiende 269 ingresos anuales.
El hospital San Juan de Dios por ser considera como un centro de referencias de toda la zona occidental del país de las zonas aledañas a las fronteras de Guatemala y Honduras, se reciben niños en estado crítico de dichos lugares.